El régimen de cofinanciamiento de los Planes de Mejora aprobados a las empresas beneficiarias, se basa en el reembolso bajo la modalidad de subsidio de una parte de los recursos aplicados por las empresas a remunerar servicios profesionales para la ejecución. En consecuencia la empresa beneficiaria deberá asumir el pago de los servicios profesionales de acuerdo a un cronograma de consultoría acordado, para posteriormente recuperar parte de lo invertido a través del subsidio que le otorga el Programa 

Los recursos financieros del Componente se aplicarán a apoyar a las empresas para la contratación de servicios profesionales privados, a los efectos de implementar planes de mejora de la gestión que impacten su capacidad de competencia.

Para establecer los montos máximos de asistencia subsidiada por empresa, tomando en cuenta lo ocurrido en PACPYMES I, se ha estimado que promedialmente las beneficiarias de PACPYMES II recibirán $U 70.000, lo cual posibilitaría apoyar a unas 100 PYMES en el año 2010.

A su vez se ha establecido como parte de la estrategia y metas, que un 70% de las beneficiarias deberán ser nuevas empresas, es decir no asistidas en la etapa anterior del Programa, y que del total de beneficiarias un 30% deberá estar localizado en el interior. Estos criterios determinan que, de acuerdo al flujo de solicitudes de apoyo, el Programa irá incorporando al proceso de elegibilidad el cumplimiento de las proporciones de empresas nuevas y localizadas en el interior que ha definido como meta para la asignación del cofinanciamiento.